Ini adalah tahun kedua dari Periode Kowa. Dunia telah bersatu di sekitar Federasi Serikat Bangsa yang direorganisasi, dan keadaan telah damai, tetapi sekarang, perdamaian itu tiba-tiba berakhir. Saat Suzaku pergi dan menjadi “Zero” dan pergi mengunjungi kamp pengungsi, mereka dikalahkan oleh Knightmare Frame yang misterius, dan mereka berdua dibawa pergi. Mengikuti perintah rahasia dari Schneizel, Kallen, Lloyd dan Sayoko menyusup ke Zilkistan, Negeri Prajurit, di mana mereka diserang oleh pengguna Geass yang misterius. Di Zilkhstan ada seseorang bernama C.C., yang dikenal oleh para penyerang sebagai “former master”.