Zaman dahulu kala ada 2 orang perompak wanita yang bernama Anne Bonnie dan Marie Reed. Mereka menyembunyikan harta karun di dasar laut di sebuah pulau bernama Koumijima. Ada legenda yang menceritakan tentang istana dasar laut. Sudah tentu, legenda tersebut langsung menarik minat para pemburu harta karun. Conan dkk kebetulan sedang berlibur kesana. Pertemuan mereka dengan beberapa pemburu harta karun langsung menjadi bahan perbincangan tersendiri. Namun Conantetaplah Conan, tindak-tanduk beberapa diantaranya dianggap sangat mencurigakan. Masalah akhirnya benar-benar muncul ketika seorang pemburu harta karun tewas akibat diserang oleh sekumpulan hiu. Sebagaimana biasanya, Conan tidak percaya begitu saja dan langsung berusaha menyelidiki kebenaran.