Fase terakhir dari trilogi Fate/stay night Heaven’s Feel. Perang Cawan Suci, sebuah peperangan antar tujuh orang master dan servant mereka untuk memperebutkan cawan suci, perangkat mahakuasa yang bisa mengabulkan berbagai macam harapan. Sepuluh tahun lalu, perang cawan suci keempat telah meluluhlantakan kota Fuyuki dan menelan 500 korban jiwa. Emiya Shirou, pemuda yang selamat dari tragedi itu bercita-cita untuk menjadi pahlawan pembela kebenaran seperti ayah angkatnya, Emiya Kiritsugu. Saat menjalani kesehariannya sebagai siswa, Shirou terseret untuk berpartisipasi ke dalam perang cawan suci kelima bersama servant-nya, Saber. Ketika bayangan misterius mulai menyerang penduduk kota, Shirou bekerja sama dengan Tohsaka Rin untuk menghentikannya. Namun, perasaan Shirou terhadap teman terdekatnya, Matou Sakura, menuntunnya ke dalam rahasia gelap yang menyebabkan permusuhan antar keluarga.