Set bulan setelah acara Mobile Suit Gundam Unicorn, cerita ini berfokus pada dua mantan Principality of Zeon Remnants, Mantan Pengembang Senjata Arlette Almage dan Mantan Pilot Uji Danton Hyleg. Keduanya disewa oleh tim peneliti Pasukan Federasi Bumi untuk menyelidiki sisa-sisa pangkalan asteroid Axis. Tetapi setelah kedatangan mereka, mereka bertemu dengan Cyber Newtype, Quentin Fermo, yang menjadi pilot mobile suit misterius, RX-78AN-01 Gundam AN-01. Tristan menyerang mereka karena alasan yang tidak diketahui.